航空
印尼有到達新加坡、馬來西亞、泰國、香港、中國、巴基斯坦、歐洲和北美各國或地區的航班。目前香港國泰航空公司、中國南方航空公司和印度尼西亞鷹航空公司已有從北京、廣州到印尼雅加達和泗水的航線。
火車
印尼鐵路多集中在爪哇島，以雅加達為始發站，來往于爪哇島和蘇門答臘島間。北線從雅加達經井里汶、三寶壟到泗水；南線從雅加達，經萬隆、日惹到泗水。列車都是傍晚發出早上到達，很便于旅游。
公路
爪哇島和蘇門答臘島上公路交通較發達，從雅加達、萬隆、泗水等中心城市有通往周邊地區的短距離高速公路，長途汽車往來于各大城市間。
水運
印尼是個島國，各主要島嶼間大多依靠輪渡和客輪相通，輪渡還可搭載游客的汽車。從爪哇島去蘇門答臘島，游客可先乘車至西爪哇北部西端的孔雀港，然后搭乘輪渡穿過巽達海峽，到達蘇門答臘南部楠榜省的巴果亥尼；從爪哇島去巴厘島，從爪哇島東端的外南夢搭乘輪渡穿過巴厘海峽，便到達巴厘島西端的吉利馬奴克。
出租車
印度尼西亞出租車起步價5元。
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